Ad 2. Kolejna zasada to zasada pierwszeństwa (prymatu) prawa unijnego nad prawem krajowym. Należy ona do jednej z dwóch fundamentalnych zasad ustawodawstwa UE. Jej sens wynika z treści wielu orzeczeń Trybunału Sprawiedliwości, które stwierdzają, iż państwa członkowskie Unii dobrowolnie ograniczyły swe suwerenne prawa na rzecz nowego porządku wspólnotowego. Stąd też państwa te nie powinny podejmować działań skierowanych przeciwko przyjętemu przez siebie systemowi prawa UE.
Zasada ta oznacza, że normy tego prawa zajmują naczelną (nadrzędną) pozycję wśród wszystkich norm obowiązujących w wewnętrznych systemach prawnych państw członkowskich Unii Europejskiej, a zatem żadne normy prawa krajowego (wewnętrznego) nie mogą mieć pierwszeństwa przed prawem unijnym, ani też pozbawiać go jego wspólnotowego charakteru. Traktat UE zmodyfikował zatem system prawny Wspólnot i zintegrował go bardziej z systemami prawnymi państw członkowskich Unii.
Z kolei w sytuacji konfliktu pomiędzy normami UE i prawem krajowym traktat zobowiązuje sądy krajowe do stosowania w pierwszej kolejności prawa unijnego. Każda dyrektywa zakreśla ostateczny termin, w czasie którego państwa członkowskie zobowiązane są dokończyć jej legislacyjne wdrożenie i wykonanie w ramach krajowego porządku prawnego. Dyrektywy nie zawierają zatem bezpośredniego skutku ich obowiązywania do momentu upływu terminu wyznaczonego na ich włączenie do krajowego systemu prawnego. Z reguły więc zawierają one termin, w którym ich adresaci – państwa członkowskie Unii – są zobowiązane podjąć konieczne środki w celu realizacji ich postanowień, tj. uchylić, zmienić bądź uchwalić nowe krajowe akty prawne. Stąd też wybór form i metod wprowadzania dyrektyw do systemu prawa krajowego odnosi się bardziej do kwestii sposobu wdrożenia, niż do treści i zakresu ich obowiązywania. Swoboda wyboru sposobu realizacji dyrektywy zobowiązuje jednak państwo członkowskie do zastosowania takiego instrumentarium, które zapewnia faktyczną jej osiągnięte. W odróżnieniu od rozporządzeń, dyrektywy nie obowiązują bezpośrednio (automatycznie) w wewnętrznym systemie prawnym poszczególnego państwa członkowskiego. Swój normatywny status uzyskują dopiero po ich wdrożeniu do porządku prawa wewnętrznego (krajowego) za pomocą właściwych w danym państwie członkowskim procedur legislacyjnych. Stąd też dla zapewnienia pełnego stosowania postanowień odnośnej dyrektywy państwa członkowskie muszą zadbać o wyraźne i jednoznaczne ramy prawne.